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手持基因测序仪问世 仅手机大小

2015-11-11 13:22 阅读: 828 评论: 0 来源: 科讯网 编辑: ygzx1
[导读]康涅狄格州立大学的研究人员通过使用一种比手机还要小的手持测序仪,对自然界中已知的最复杂基因的RNA进行了测序。当一个DNA链穿过纳米孔测序仪MinION时,MinION可以 看见 五个核苷酸。五个核苷酸一组会生成一个


关于解决办法的另一个方面,Graveley、Bolisetty和Rajadinakaran决定玩一把大的。他们放没有对旧的“自选情节”基因测序,而是选择了最复杂的、被称为唐氏综合征细胞粘附分子1(Dscam1)的基因,该基因可以控制果蝇脑的神经回路连接。Dscam1有38016种可能出现的亚型,每一只果蝇都有可能产生其中任意的一种,但实际上存在有多少种亚型仍然未知。
Dscam1看着像是这样:X-12-X-48-X-33-X-2-X,X表示始终相同的部分,数字部分可能有所不同(数字本身代表着那一部分有多少不同选项)。
为了研究苍蝇大脑中究竟存在多少种不同的Dscam1的亚型,研究人员首先得把Dscam1基因的DNA分子转变为RNA。如果DNA是一本书或者一部使用说明,RNA就是抄写员,它将书或者使用说明的内容拷贝下来,再翻译成蛋白质。DNA包含着Dscam1基因中所有38016种亚型的转录方式,而每个Dscam1RNA只体现其中一种转录方式。此前没有人用MinION来对RNA序列进行测序,尽管这应该是可行的,演示并展示它的效果也将实质性的推进该领域的工作。
Rajadinakaran从果蝇脑中提取了DNA,转化成tNA,分离Dscam1 DNA的RNA片段并让它们通过MinION纳米孔测序仪。在一次实验中,他们不仅发现,38016种可能亚型中有7899种被被表达,而且还应该有更多种亚型可能被表达出来,如果不是所有都可以的话。“许多人说‘MinION没什么用处,’”Graveley说,“但是我们研究显示它可以进行已知的最复杂基因的研究工作。”研究显示,基因测序技术现在可以被研究人员更加广泛地使用,因为MinION即相对廉价又十分轻便,几乎不占用实验空间。
“这种类型的尖端工作将使康涅狄格州立大学站在技术的前沿领域并增加我们基因组学研究所的投资,”康涅狄格州立大学系统基因学研究所主任MarcLalande说,“同时,也正是由于大学学术计划(the University's Academic Plan)对基因组学的投资,Brent Graveley才能利用他的专业知识使我校的教师学生能成功的竞争到捐款并成立生物科学公司。”
Graveley将于12月3日在纽约基因组中心召开的牛津MinION纳米孔公司社区会议上就该研究进行演讲。Brent Graveley实验室的MinION基因测序仪采用先进技术,大小相当于一个iPhone,售价仅为1000美元。下一步,研究人员计划进行的更深入的研究:将单一细胞内RNA的每部分进行彻底测序,这是传统基因测序无法完成的。“神奇的是,这项技术可以改变我们研究RNA科学的方法和我们获取信息的方式,”Graveley说,“再加上MinION是一种可以插进笔记本的手持测序仪,用它真是不可思议的酷!”
(摘自科讯网)
关键词:基因,康涅狄格,纳米,研究人员,技术
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