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应用于快速HLA分型的等温扩增 凭借更快的速度和更长的读段,等温扩增成为了目前的乳液PCR的替代方法。目前该技术已允许早期试用者在PGM上手动操作。公司计划推动等温扩增支持Ion
Chef系统,从而实现高达600bp的读长。 Williams指出,在现有的模板扩增技术下,Ion Chef单次运行一般需要10小时,而使用等温扩增技术则可将时间缩短至5小时。 Ion Torrent已与Thermo Fisher下的另一家公司--即致力于HLA分型的One
Lambda公司--合作测试一种运用等温扩增技术以达到测序时间短、读长长(500-600bp)目的的HLA测序试剂盒。 去年12月,One Lambda推出了仅作研究用途的NXType试剂盒。NXType适用于PGM平台,能在3天之内完成全部HLA I型和HLA
II型基因测序。 Felton表示,由于等温扩增速度较快,今后还可能应用于胚胎植入前遗传学筛查。 AmpliSeq自动化及其应用 Ion Torrent目前还正在寻求在Ion
Chef系统上实现AmpliSeq文库的自动制备。尽管自动制备文库的运行时间比手动实验方案长几小时,但手动建立实验的操作仅需几分钟。整个流程,包括测序在内,一共需要24个小时,而用户自己制备文库则需要21个小时。AmpliSeq已经开始提供早期试用,并计划在今年下半年实现商业化。 另一项研发内容是由血样和口腔样本直接制备AmpliSeq文库,省去DNA提取步骤。Felton表示,公司已对此进行了理论验证,但还未确定商业化的时间期限。 针对现有的AmpliSeq试剂盒,公司大大降低了DNA起始需求量。现有的实验方案要求DNA的量为10ng,但公司研发人员展示了改良后的实验方案:当DNA起始量低至0.1ng(相当于20个细胞含有的DNA量)时,仍然能得到不错的结果。 Ion Torrent已结合Cynvenios的LiquidBiopsy平台对AmpliSeq Cancer Hotspot
panel进行了检测--Themo
Fisher最近已成为LiquidBiopsy平台的经销商。LiquidBiopsy仪器可分离血液中的循环肿瘤细胞、游离DNA和细胞DNA。 在改良试剂的同时,Ion Torrent还研发了能检测低至1%的低频率突变的新算法--Ion Reporter软件4.4版本已整合该算法。 |